Крестовоздвиженская община
Была основана Великой княгиней Еленой Павловной в 1854 году для срочной подготовки сестёр попечения о раненых и больных воинах. Служба крестовоздвиженских сестёр на театрах военных действий Крымской войны получила высокую оценку у современников.
Община была сохранена и после окончания войны и со временем развернула обширную деятельность по оказанию медицинской помощи населению этой фабричной окраины. При этом основной задачей существования Общины оставалась подготовка сестринского персонала на случай войны. Основание Общины и основные принципы деятельности в первые годы её существования связаны с именем известного русского хирурга Николая Ивановича Пирогова.
В 1918 году
Больница была изъята у Крестовоздвиженской общины и получила самостоятельность в ведении Петроградской больничной кассы. В памяти же многих поколений петроградцев – ленинградцев бывшая общинская больница осталась уже как больница им. Г. И. Чудновского – сначала городская, а затем ведомственная. Высокая профессиональная репутация Балтийской клинической центральной бассейновой больницы была известна далеко за пределами Северной столицы.
На протяжении многих лет в больнице проходили лечение сотрудники предприятий речной и морской отрасли. В 2002 году на базе бассейновой больницы было создано ФГУ «Северо-западный окружной медицинский центр Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию». А в 2011 году больница была реорганизована в Санкт-Петербургский клинический комплекс федерального государственного бюджетного учреждения "Национальный медико-хирургический Центр имени Н.И. Пирогова" Минздрава России (СПКК ФГБУ "НМХЦ им. Н.И. Пирогова" Минздрава России).
В 2015 году
В связи с реорганизацией наш Центр меняет свое название на Федеральное государственное учреждение «Санкт-Петербургский многопрофильный центр» Министерства здравоохранения Российской Федерации (сокращенное название: ФГБУ «СПМЦ» Минздрава России). Данные изменения произошли согласно распоряжения Правительства РФ от 10.02.2015 №184-р и Приказа Министерства здравоохранения РФ от 17.02.2015 №59а.
С 1 января 2018 год
С 1 января 2018 года в связи с соединением с СПбГУ Центр переименован в Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Санкт-Петербургский государственный университет» Клиника высоких медицинских технологий имени Н. И. Пирогова (поликлиника, стационар).